Segunda División De España
Independiente vuelve a coronarse campeón ocho años después, en 1948. En este campeonato estuvo bajo la conducción técnica de Fernando Bello, arquero campeón en 1938 y 1939. Comenzó el torneo ganándole rotundamente a Rosario Central por 10-2. Más tarde en la fecha 25°, llegando a las fechas finales del torneo, le ganó de una forma considerada “batacazo” a River Plate ya que al finalizar el primer tiempo estaba perdiendo 3-1, pero en el segundo tiempo logró dar vuelta el marcador ganando 4-3. Tras esta fecha ocurrió una huelga de futbolistas, que derivó en una polémica decisión de la AFA que decidió que en los cinco últimos partidos se jugara con jugadores amateurs. En 1948 el club realizó su primera gira internacional fuera de Sudamérica, incursionándose en México para enfrentarse a rivales como Atlante, León y las Chivas de Guadalajara. En 1948 Independiente ganó su único título de la década. El título le dio pase para disputar por primera vez una copa de envergadura continental; la Copa de Campeones de América 1961. En la misma solamente disputó dos partidos quedando eliminado en cuartos de final tras caer las dos veces con el Palmeiras brasileño.
Como campeón defensor, Independiente clasificó directamente a las semifinales de la ahora llamada Copa Libertadores de América en 1965. En esa instancia se cruzó con un clásico rival; Boca Juniors. El Campeón de cada grupo ascendió a Tercera RFEF mientras que los clasificados entre la 12a y 14a o 15a posición junto el peor 11o clasificado descendieron a Segunda Catalana. La Tercera Federación esta integrada por un total de 288 clubes divididos en dieciocho grupos de 16 equipos cada uno. En esta división, participan actualmente un total de 14 equipos profesionales para el año 2023, por un cupo disponible a la Primera B, mediante lo cual el equipo campeón asciende automáticamente a dicha categoría. Siendo el campeón argentino, Independiente jugó la Copa Dr. Ricardo Aldao contra los campeones de Uruguay. Anteriormente, ya había pateado pelota en Brasil, Chile, Paraguay, Perú y Uruguay. En ella participaron los equipos más importantes de Argentina y Uruguay. En este rubro el referente era el arquero Fernando Bello, que por mucho tiempo fue también el arquero titular de la Selección Argentina. En su regreso a Argentina alcanza la segunda posición del torneo de Primera División de ese año, teniendo el mejor ataque del campeonato con 61 goles.
En 1939 el ataque fue reforzado con Juan Maril, y los Diablos Rojos lograron el bicampeonato, marcando 103 goles en 34 juegos. Con su llegada y la de Juan Zorrilla, más Antonio Sastre, los Rojos alcanzaron un poder ofensivo renovado que fue protagonista en estos torneos. En 1947 se retira Antonio Sastre, considerado como el jugador argentino más completo de todos los tiempos. Quedó tercera y luego de varios días de espera, debido a que necesitaba resultados de distintos rivales para seguir en la competencia, el sueño argentino terminó luego de una agónica victoria de Camerún sobre Nueva Zelanda, quedando en el penúltimo lugar de mejores terceros. La batalla tuvo lugar en la hoy conocida como Llanura de la Calma. El poder de Independiente no se basaba únicamente en su ataque; tanto en 1938 como en 1939 contó con la defensa menos goleada de los campeonatos. En 1939 se midieron contra el otro grande del fútbol uruguayo, Nacional, y esta vez los rojos vencieron por 5-0 en estadio de San Lorenzo. En 1937 arribaron al club dos goleadores más; Vicente de la Mata y Emilio Reuben, que completaron una de las delanteras más explosivas de todos los tiempos; entre 1937 y 1939 marcaron 323 goles tomando en cuenta sólo el campeonato, convirtiéndose en la delantera más goleadora del fútbol argentino.